Fin dal 1217 in questo quartiere sorgevano case di proprietà dei Carraresi (Cittadella 1842, pp. 56-57).

Figura di spicco della famiglia fu Francesco Zabarella (1360) che, in seguito a periodi di studio presso le Università di Padova, Bologna e Firenze, tornò a Padova per insegnare diritto. Il suo prestigio accademico lo portò ad importanti incarichi diplomatici: nel 1398 si recò in missione a Roma per conto di Novello da Carrara; nel 1404 fu inviato a Parigi per implorare l'aiuto dei francesi nella guerra contro Venezia e l'anno successivo si occupò della resa di Padova ai veneziani. In seguito diventò vescovo della città. Giovanni Zabarella nel suo testamento parla dei restauri cinquecenteschi del palazzo che risulta continuamente citato anche negli Estimi e nelle guide della città del XVIII secolo.

Ad oggi, costituisce uno dei palazzi meglio studiati della città di Padova grazie anche alle indagini stratigrafiche condotte negli anni ’90 dal Cagnoni e pubblicate nel 1996 insieme ad una concisa relazione sui lavori archeologici effettuati al di sotto del palazzo.