Dal Quattrocento il palazzo divenne residenza della famiglia dei Savonarola, anche se sembra che l’origine del corpo di fabbrica si possa far risalire al 1200, momento in cui, secondo il Calore, la proprietà era della famiglia Lemizzi.

Il Bortolami, invece, sostiene che i Savonarola erano già affermati in città dalla metà del XIII secolo e che avevano numerose proprietà vicino ponte Molino e  S. Fermo.

Per ricostruire la cronologia del palazzo è necessario considerare anche che la tipologia dell’edificio: il tipo è quello del casinetto incassato, riferibile all’edilizia minore della città e presente dal Duecento fino a tutto l’Ottocento.

Si tratta di un edificio più volte rimaneggiato, come denunciano i rifacimenti del portico, dei pilastri, della luce delle arcate, dei mattoni decorati a martellina nelle ghiere delle arcate e della stessa struttura muraria intonacata. Tradizionalmente il casinetto ha un fronte strada di 4-5 m con una sola camera sulla strada (ci si addentrava all’interno attraverso un camerino, un vano scale male illuminato), una camera interna e un lungo cortiletto. Nel corso del 1300, grazie ad un incremento del benessere, si assiste all’unione di più unità abitative. Pertanto il palazzo di via Savonarola, potrebbe nascere dall’unione di più casinetti che in una prima fase di vita ospitavano persone di bassa estrazione sociale.

Ponte Molino con accanto palazzo Savonarola, da L. Formentoni, Passeggiate storiche per la cittá di Padova (1884), in Scritti Padovani. Miscellanea I, Padova 1980.